У нас, например, живут без наполнителя. По простой причине - в местных зоомагах либо сосна, либо сосна с ароматизатором, что для крыс неприемлемо... Можно в принципе заказывать, но мы обходимся. Но условия у нас специфические: во-первых, крысопарней всего двое. Во-вторых, в клетке они только ночуют (там гамачки, домик, тряпочки, которые меняю каждый день, а в углу клетки - туалет, куда крысы бегают даже с кровати, где находятся днем на свободном выгуле:) ) В третьих - ежедневная уборка, протираю дно клетки. Запаха нет, крыс вроде все устраивает, меня тоже.
А может, не убирать наполнитель? Туалет само собой, одно другому не мешает, можно его поставить на наполнитель. И пару какашек туда, "обозначить место".