Да, может быть аллергия, может быть инфекция (необязательно микоплазма).
Для начала я сменила бы опилки на тряпочки, салфетки и т.п., посмотрела бы, нет ли возле крыски каких-нибудь источников запаха, подавала бы иммуномодулятор. Но если за несколько дней не поможет, свозила бы на прием к понимающему в крысах врачу.