В сплошных полках можно выпилить круглые отверстия сбоку, также диаметром в 10 см, и к этим дырдочкам подвести лесенки.
Если хотите, чтобы крысы ходили в лоток, то стоит определить место для еще одного лотка, где-нибудь в серединке (лучше, если будет еще парочка лотков, на разных ярусах).

Мало какая уважающая себя крыса будет с верхатуры (а именно на верхах они обычно любят проводить свое время) спускаться куда-то в подвал, чтобы сходить на горшок, они не донесут.

Мои не любят идти в туалет, если он, по их мнению, далековато от любимого гамачка или домика.
А, вообще, мне очень нравится Ваш подход, супер!

Очень здорово, когда сам могешь для своих любимок выстроить дворец.

Добавлено Апрель 17, 2015, 14,03:15
Как вариант, предлагаю подумать о 2-этажном домике-коробке. 2-ой этаж в виде съемной полки, крыша тоже съемная или откидная, для уборки (конечно, без пола на первом этаже, чтобы убираться проще было). Крыша такого домика может стать не только местом для отдыха, но и вместо лесенки переходом на следующий этаж.
Вот пример моей архитектурной мысли (правда, не для крыс под заказ мне его делали):


