Для гнездового материала подойдут белые салфетки или бумажные полотенца. Нужно только отнимать и выдавать свеженькое по мере записывания. Лучше, конечно, пользоваться гамачками, мягкими трубами, коконами и прочей крысиной радостью.
и начинает сильно вонять
Посмотрите, не подтекает ли поилка? Сильно намокшие опилки под носиком поилки могут загнить и начать вонять. И да, прописанное сено тоже начинает быстро тухнуть и пахнуть.
если я куплю третью крысу, не начнётся ли в клетке бойня?
Начнётся. Эта новенькая крыса будет восприниматься как чужак. Поэтому, если хотите взять третью крысу, будьте готовы к длительному постепенному сселению, нельзя будет просто сунуть незнакомку в общую клетку.
Покупка новой клетки - это прекрасно, только смотрите, чтобы она подходила по размерам для двух (или трёх?) Ваших девочек.