Я думаю, если крысы нормально переносят перемещение клетки (не бегают в панике по клетке, не проявляют потом признаков стресса - порфирин, запуганность и т.д.), то пусть находятся в ней. Дело в том, что в своем доме крысы в любом случае чувствуют себя увереннее, чем в каком-то менее знакомом месте. А звуки пылесоса, перемещение вещей во время уборки, как правило, пугают крыс, особенно молодых.
На время пылесошения я как-то выпускала крыс на кровать в другой комнате, дверь закрывала, чтобы их не тревожили громкие звуки. Крысы были более напуганы в итоге, чем если они слышат пылесос в той же комнате, находясь в своей клетке.