Я тоже против вольного содержания крыс. Ладно если просто погрызут что-то, но ведь возможны и всякие несчастные случаи (скажем, крыса полезла по шторам и упала с высоты. Или хозяин, встав ночью, наступил на зверя). Поэтому мои крысы гуляют лишь в одной комнате и лишь когда мы дома. Мы их выпускаем утром, когда встаем, снова сажаем в клетку перед уходом на работу, а вечером снова выпускаем.
Есть и еще причины, по которой могут быть нужны клетки - скажем, чтобы разделить разнополых животных. Или для случаев, когда звери поссорились и выпускать их одновременно просто нельзя. Или когда зверь заболел - сопит и чихает, но все равно лезет на холодных подоконник. Или к старости у зверика возникли проблемы с ориентацией в пространстве или частичный паралич конечностей - тут уж надо просто ограничить у зверя возможность банально упасть откуда-нибудь (зверь не всегда понимает, что он уже не такой сильный, каким был раньше, и может пытаться залезть туда, куда просто физически сейчас забраться не в состоянии).
Я знаю о случаях, когда привыкшего к вольному содержанию зверя сажали в клетку на время болезни - и зверь в добавок к своим болячкам получал еще и нервое потрясение из-за заточения (а по тем или иным причинам оставлять зверя на воле было нельзя).
Так что пусть зверь гуляет как можно больше, но при этом он должен спокойно воспринимать и сиденье в закрытой клетке.
Смысла в "модных" наполнителях не вижу - главное, чтобы наполнитель был доступным по цене и возможности его купить, да и для крыс не был вреден. Увы, у моих нынешних питомцев явно наблюдается аллергия на опилки и наполнители из целлюлозы, так что используем тряпки - обычно это салфетки для мытья пола, которые сейчас продаются в хоз.магазинах.
А клетка - в зависимости от возможностей (как финансовых, так и от размеров комнат), и чем больше, етм лучше. Разумеется, покупая огромную клетку, стоит заранее подумать, в состоянии ли вы будете ее регулярно мыть (а то кое-кто покупал клетки, которые банально не пролезали в дверь ванной)...