Я много лет раньше жила в квартире с пластиковыми окнами. Ощущение, как будто в закупоренной банке, даже при установке рамы на "зимнее проветривание" - когда образуется щель. Кожа моя явно страдала - постоянно мазалась увлажняющими кремами, купили увлажнитель воздуха... А сейчас с деревянными рамами таких проблем нет, квартира дышит.
Я все-таки с Вами не соглашусь... В медицине есть такой термин - "эффект плацебо". Это из той же серии... О каком дышащем материале мы говорим, если дерево несколько раз покрыто непроницаемой краской??? Щели - да! Дышат!

Возможно, Вы говорите о новых деревянных рамах по новым технологиям. А я жила с обычными. И как только замуровали все щели и поставили уплотнители - сразу стали и окна потеть, и сухость в квартире а в результате и на коже... Сейчас у нас пластик, но мы с микропроветривания не снимаем вообще, кроме как для проветривания:) С деревянными с зимним проветриванием были проблемки, естественно, решаемые.
А на счет "закупоренной банки"... Это Вы еще в доме с вентфасадом этим летом не жили.... Вот это была банка... Точнее - термос!

Если дверь "повело", то можно попробовать по периметру подложить что-то типа пластилина и посмотреть по отпечатку - где хуже притвор, а где лучше. В тех местах, где щели у нас были совсем большие - уплотнитель клеили и на дверь, и на раму.
А можно более радикально - по этим отпечаткам попытаться выровнять дверь - точнее, только плоскость примыкания. Т. е рубанок или "шкурку" в руки - и вперед:)
По опыту друзей знаю, что полная переделка старых рам не целесообразна. Времени, труда, денег сжирает очень прилично, а результат все равно оставляет желать лучшего...
А! Еще проверьте петли... Они от возраста бывает как проседают, деформируются, выгибаются... И тогда створка немного провисает, т е перекашивается.
И при заделке мелких щелей/трещин герметиком - я бы отдала предпочтение акрилу, а не силикону. Он не желтеет со временем, и его можно красить.