Класть или не класть бумагу под подстилку зависит также от поведения крысок. Мои, пока не было фальш-дна, упорно вытаскивали бумагу из-под подстилки, разбрасывая при этом опилки по всей комнате. Но с бумагой, конечно, убирать удобнее: просто свернул все кулечком и выкинул.
По поводу всяких цитрусовых-хвойных опилок, я считаю, что если у крыски нет на них аллергии, то почему бы их не использовать. Лучше бы, конечно, какую-нибудь мебельную фабрику найти или лабораторию, как источник получения опилок.