Вариантов много:
а) неподходящий антибиотик... не все антибиотики не все бактерии убивают;
б) (неприятный и редко встречаемый вариант, слава Богу) - вирусная инфекция, тут антибиотики не помогают вообще, только иммуномодулятори и иммуностимуляторы, если повезет;
в) уже перенесенная микоплазма очень часто безвозвратно повреждает значительную часть легких... В запущенных случаях несколько затрудненное дыхание сохраняется у крысы на всю оставшуюся жизнь;
г) отек, не связанный с респираторным заболеванием: плохая работа почек или сердца, например...;
д) повреждения, которые не связаны с инфекциями вообще: у меня одна крыса всю жизнь свистела носом, который ей предварительно дважды прокусывали в крысиных разборках; у знакомых есть крыса, которая похрюкивает носом после травмы (стукнулась головой);
И самое главное - хрюк хрюку рознь! Но в данном случае меня насторожило очень, что хрюки даже в состоянии покоя имеются... Ко врачу. Не было бы потом поздно... А то бывает, что хрюкает-хрюкает крыса месяц-другой, вроде ниче страшного, а потом раз - и приступ удушься, так что до ветеринара довезти не успевают.