Часто в клетке больше всего запаха дает не поддон с наполнителем, а шамаки, домики и прочее. Тут менять-перестилать все приходится как можно чаще - я вот два раза в день это делаю, чтобы крысам не приходилось лежать на мокрых тряпках или бужмажках.
Еще обязательно посмотрите, где стоит клетка. Часто пахнет не сама клетка, а ее окружение - стол, где она стоит, обои, шкафы... Это все тоже надо мыть...