Может ему неудобно это на фальшдно делать, вот и ходит в миску? Не знаю, но крысы разные, могут быть и такие предпочтения. И еще ему может быть лень спускаться - у меня когда пацаны жили в высокой клетке (около 1,2 м), им было лень с верхних полок спускаться, выйдут из гамачка и прям на полку ходят. Но у меня полки были сплошные, поэтому им, видимо, удобно было
В лоток можно наполнителя или хотя бы бумаги туалетной, но бумагу каждый день нужно менять, а то запах - думаю, ему будет комфортно. Когда поставите лоток, сразу туда старых этих набросайте, чтобы ему быстрее понять, для чего это.