Наиболее вероятными причинами отсутствия лапок и хвостика могут быть
1. какие-то ситуации во время родом (мать могла случайно отгрзыть кусочек хвоста, перегрызая пуповину). Такие случаи наблюдались...
2. более вероятно - если для гнезда использовались марля или ткань, из которой торчат нитки, ниточка могла закрутиться воруг хвоста или конечности. После этого часть тела, в которой кровь не может нормально циркулировать, постепенно отсыхает, а потом крыса сама может ее отгрызть...
Это вообще достаточно частая вещь для грызунов (не только крыс, но и хомяков и т.п.). Именно поэтому не стоит использовать в клетк такие материалы, которые могут привести к подобным травмам.
Без хвоста крыса живет вполне нормально - некоторые такие звери спокойно до 3 лет доживали... Отсутствие лапки зверику мешает гораздо больше, но и так крысик может жить, особенно если о нем заботятся...