Попробуйте несколько дней подержать его не на наполнителе (кстати, какой вы используете?), а на салфетках.
И из рациона исключите всё, кроме сухого корма - если чесаться перестанет, значит дело в этом.
Вполне возможна аллергия на белок.
Сколько малышу по возрасту? Если не совсем маленький, можно ещё Фронтлайном брызнуть на всякий случай. Но это только если не совсем маленький!