Jasinta, все очень просто с анализами на самом деле. 
Расскажу на примере своих "любимых" лямблий:
Каждая лямблия проходит определеных жизненный цикл, который включает в себя 2 стадии - вегетативную и стадию покоя (цист). 
Именно цисты способны долго существовать во внешней среде. Крыса пьет, например, воду, и вместе с ней глотает цисты лямблий. В кишечкике паразиты переходят в подвижную вегетативную форму, размножаются, питаются, всячески безобразят и могут доставить много хлопот своему хозяину. Затем, при определенных условиях, они снова формируют цисты, которые выделяются с калом 
с определенными интервалами. Соответственно, обнаружить цисты можно 
только в момент их выделения. Для лямблий даже характерно выделение цист именно в период прекращения диареи (то есть вполне нормально, что когда стул был лучше, простейших находили, а когда началась диарея - нет).
Наличие простейших в кишечнике НЕ является нормой для крыс. Но здоровый организм вполне способен сам справиться с этими паразитами. Простейшим в кишечнике здоровой крысы неуютно, они могут либо сами "эвакуироваться", чтобы найти более "гостеприимного" хозяина, либо сидеть тихо-тихо, как мышки, практически не размножаясь и не причиняя своему хозяину никакого вреда.  Если нет симптомов болезни, то и лечение не требуется. Тем более, что препараты, применяемые для лечения протозойных инфекций, имеют массу побочных эффектов. 
С другой стороны, эти "тихие мышки" могут активизироваться  в самых неподходящий момент (например, когда организм крысы ослаблен другими болячками). Примерно так и было у наших зверей прошлой осенью. Лечились в результате долго (больше 3-х месяцев),  т.к. некоторые твари оказались устойчивыми к стандартным средствам типа метронидазола. Те же лябмлии после первого курса как-бы исчезли (на самом дела "затихарились", гады 

 ), а потом "нарисовались" снова. Врачу пришлось поломать голову подбирая действенный препарат.