Чаще всего у крыс проблемы бывают из-за травмы челюсти (упал, ударился, сломал) и зверек всю жизнь вынужден терпеть процедуры обрезки зубов.
А бывает зубы (резцы) обламываются у основания и не растут, или чуток отрастают и опять обламываются - это может быть связано с инфекцией в точке роста зуба. Тогда обрезать такой зуб не нужно

хотя остальные все равно придется.
Относительно выяснения причины - сделать это может либо очень опытный врач при пальпации либо после рентгена. Смысл имеет в случае, если вы хотите крысу вязать. Неправильный прикус не стоит передавать потомству.
Хотя ИМХО таких крыс в любом случае не стоит вязать, и так нагрузка на организм...