Тестирование ДНК на окрас, маркировку, тип шерсти

[Svet-lana]

Вот и у меня больше сомнений в отношении этих тестов. Если мы не знаем, какой ген что-то вызывает, как попросить на него провести провенку?

[sonqka]

Если этим не заниматься, никогда не узнаем...
Одна беда - это будет действительно не "массовый спрос", а работы - вагон и маленькая тележка. Никто не будет ничего делать бесплатно

Давайте заразим крысами Абрамовича! А то футбол, футбол...

Вот и у меня больше сомнений в отношении этих тестов. Если мы не знаем, какой ген что-то вызывает, как попросить на него провести провенку?

... или все же массовый...?

[Skerzo]

Если куча вопросов - так давайте на них выйдем - официально... и спросим какое сотрудничество возможно между ними и нами... Никто ведь за это нам уши и хвосты скипидаром мазать то не будет...

[Lana]

Если куча вопросов - так давайте на них выйдем - официально... и спросим какое сотрудничество возможно между ними и нами... Никто ведь за это нам уши и хвосты скипидаром мазать то не будет...

Я все же надеюсь, что нам Марина на эту тему тоже что-то скажет. Когда мегаколонники появились, была у нас мысль на эту тему и Марина что-то узнавала, но сказала, что мы такое не осилим финансово.

[Gem]

Чтобы поставить ПЦР, необходима в принципе ОДНА клетка (это про количество материала). В своей практике брала на анализ материал из полости рта - собирали отшелушивающийся эпителий с щек.
Для полимеразной цепной реакции требуется подобрать праймер, его заказ стоит ок. 100$, отсюда и ценовая политика.
Чтобы подобрать праймеры, нужно знать сиквенс (нуклеотидную последовательность гена). У крыс геном секвенирован, с этим проблем не должно быть.
Другое дело, нужно знать, КАКОЙ ген амплифицировать. Должны быть известны точные данные о том, что именно ЭТОТ ген (гены, локусы, сайты в гене) вызывает данное заболевание. Тогда возможны тесты. Сам генанализ по ассоциации болезни с мутациями в лаборатории провести не смогут, там выполняют чисто техническую работу.

[sonqka]

А подобной информации:

Spotting lethal Locus
Found at chromosome15 q21-q22 The two alleles here are:
Dominant Sl, with no effect and recessive sl/sl which causes megacolon (resembling the human Hirschsprung (HSCR) disease) and white coat-color with a small pigmented spot on the head.

хватит для анализа?

Это отсюда:
http://forum.academ.org/index.php?showtopic=191341
Posted on: Марта 05, 2008, 22,32:40 Кстати, огромное спасибо за то, что что-то разжевали для чайников)

Чтобы поставить ПЦР, необходима в принципе ОДНА клетка (это про количество материала). В своей практике брала на анализ материал из полости рта - собирали отшелушивающийся эпителий с щек.
Для полимеразной цепной реакции требуется подобрать праймер, его заказ стоит ок. 100$, отсюда и ценовая политика.
Чтобы подобрать праймеры, нужно знать сиквенс (нуклеотидную последовательность гена). У крыс геном секвенирован, с этим проблем не должно быть.
Другое дело, нужно знать, КАКОЙ ген амплифицировать. Должны быть известны точные данные о том, что именно ЭТОТ ген (гены, локусы, сайты в гене) вызывает данное заболевание. Тогда возможны тесты. Сам генанализ по ассоциации болезни с мутациями в лаборатории провести не смогут, там выполняют чисто техническую работу.

[Svet-lana]

Насколько  я поняла, наши западные коллеги-заводчики тоже изучают этот вопрос и толком ничего пока неясно с этим мегаколоном. Даже то, рецессивный это ген или доминантный, с каким геном он сцеплен и имеет ли он дополнительные "выключатели".

[sonqka]

Ну, sl/sl есть на самом деле. Как один из возможных вариантов по крайней мере (вот)
Правда, там большей частью ссылки на какие-то иностранные платные журналы  , но даже по цитатам понятно, что это какое-то общее место.

[Skerzo]

текст с форума:..."По поводу научных сотрудников.
Мы работаем совместно с каф. генетики и селекции СПбГУ - думаю, продолжать по поводу докторов и кандидатов не стоит..."

Может как то выйти на них не в частном порядке а от клубов? И получить нужную инфу? Ведь все когда то начиналось с нуля...

[Gem]

sonqka, сиквенс гена есть ( http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/viewer.fcgi?db=protein&id=62461582 ), но ничего не известно про мутации в нем, следовательно, пока сложно придумать тест на эти мутации, поскольку они попросту не выявлены.
Кстати, ген нашелся в 5й хромосоме, а не в 15й.

Хочу принести извинения за неверную информацию о стоимости изготовления праймера, она гораздо ниже ( http://www.syntol.ru/price.htm )

[Skerzo]

Вот получен ответ от лаборатории:
"Отвечу пока конкретно:
на мегаколон мы сможем делать анализ через 2 недели.
Пока у нас нет наборов для взятия материала у крыс, но можете звонить - постараемся помочь.
Стоимость анализа: 1500 руб.
Результат абсолютно достоверный, выдаем сертификат.

По окрасам - надо разбираться. Как раз проблема в том, что их у крыс довольно много, поэтому не так все просто.
Посмотрим."

[sonqka]

Убиться веником!
Т.е. про мегаколон они уже что-то знают, и я уже могу запланировать поездку в Питер этак на апрель, позвонить им заранее, заказать материал, привести "объект")) и сдать анализ...)
Очень интересно.

Вот получен ответ от лаборатории:
"Отвечу пока конкретно:
на мегаколон мы сможем делать анализ через 2 недели.
Пока у нас нет наборов для взятия материала у крыс, но можете звонить - постараемся помочь.
Стоимость анализа: 1500 руб.
Результат абсолютно достоверный, выдаем сертификат.

По окрасам - надо разбираться. Как раз проблема в том, что их у крыс довольно много, поэтому не так все просто.
Посмотрим."

Posted on: Марта 06, 2008, 10,43:08 Где бы узнать, на какие грабли можно наступить.
Интересно, страдания иностранцев по поводу определения носительства мегаколона где-то описаны...?

[Vilka]

Страдания не описаны, ибо их особо не было. Те кто реально от этого пострадал просто не вяжут маркированных крыс, да и всё. На сайте лаборатории оставила свой вопрос на засыпку. Посмотрим что скажут.

[Svet-lana]

Я почитала несколько статей про мегаколон и сообщения на конференции по крысиной генетике на яхе. Увы, пока все на уровне домыслов. Ясно, что не страдают мегаколоном селфы, берки, айриши и капюшоны, т.е. эта бяка лежит не в этом локусе... И чаще всего вс действительно сводится к тому, что не хочешь головнйо боли - не возись с блейзами и т.п.

[sonqka]

Вот еще что интересно... можно сдать анализ в Москве и отправить это дело в Питер, чтобы крыс не таскать. Договориться с какой-нибудь московской лабораторией (а то я, вообще-то говоря, хочу проверить пять крыс (точнее, минимум - 3 крысы)).
Если ответят на последние вопросы что-то позитивное, спрошу об этом у них.

[Skerzo]

На все виды исследований кроме родства действуют скидки:
от 5 исследований – 5%
от 10 исследований – 10%

[sonqka]

Да не в скидках дело. Главное, чтобы они дали нужную информацию (хотя я и от части нужной информации не отказалась бы))
Скорее всего они имеют в виду ту самую рецессивную штучку, о которой я писала, потому что, судя по тому, что ищется в гугле, она известна не только среди крысоводов и даже как-то используется разными страшными учеными). Вот они и в курсе...

На все виды исследований кроме родства действуют скидки:
от 5 исследований – 5%
от 10 исследований – 10%

[m-arina]

Ну-с... Переться в Питер для этого вовсе не обязательно. Запросто можно и здесь. С лабораториями давно говорила, но было дело.
Выводы такие.
Во-первых, у них "всё возможно", только плати. Может быть, надо пробовать. Тоже возникло ощущение, что не понимают, о чём говорим. Во-вторых, надо спрашивать не "мегаколон", а болезнь Гиршпрунга. Именно она является ген заболеванием. А мегаколон определяется визуально, да на ощупь запросто. Другое дело - его происхождение. Это если мы о болячках.
В-третьих, готовы делать, но массово, ибо штучно не выгодно. В-четвёртых, надо закупать оборудование, всякую хрень. И, насколько я поняла, на поток ставится только определение чего-то одного. Если хочется и Гиршпрунга, и перл, и голубой, и диабет и всё остальное, то надо и это всё остальное делать тоже массово.
В-пятых, нет стандартов. Например, с тем же Гиршпрунга. Берётся 2 зверя: точно больной и точно здоровый, что само по себе большой вопрос. И выявляется "нечто", что бум считать стандартом носителя и не носителя.
Ну и цена. Тогда это было в долларах и 3 нуля. Но всё идёт вперёд и становится проще, соответственно дешевеет... Это надо узнавать сейчас заново.
Если даже ни хрена не получится, я б всё равно попробовала... Надо штук 30 добровольцев, готовых потратиться на пока неизвестно что. Оплатить им сразу 30 исследований... Пущай попробуют. Начать с чего попроще, например, что видно и визуально. Понять на простом, работает ли.
                     

[sonqka]

Я точно участвую.
Imho крысы, которые просятся на анализ, есть. И все необходимые персонажи на все роли сейчас в Москве есть.

Но - все же очень интересно, что уже известно. Вон, пообещали же анализ)

[sonqka]

А нам обещают статью:
http://www.zoogen.org/forum/viewtopic.php?p=4000#4000