1. Мы ее, конечно, отсадим в маленькую клетку. Использовать в ней обычный наполнитель (у нас - Юниклин Эко) или застелить дно салфетками? Или мягкую тряпочку положить?
Тряпочку лучше.
2. Чем кормить?
По состоянию зверя, но в принципе как обычно. Если будет плохо есть, то давайте побольше того, что ест лучше, творожки, детское питание и т.д.
3. Надо ли как-то искусственно ограничивать ее движения? И если да, то как?
Маленькой клетки будет достаточно.
4. Как не давать ей грызть шов? Сколько шов схватывается?
Наблюдать, и ругать, когда будет тянуться к шву. Тут тоже многое зависит от крысы. Я обычно сижу рядом с крысой около суток (не сплю и бдю

), потом второй день тоже на посту, но уже меньше. Главное продержаться трое суток.
Некоторые используют послеоперационные попоны (поищите по Форуму), но мы обходились без них.
5. Когда уже можно будет выдохнуть воздух? 
Суток через трое в общем случае, но опять же зависит от состояния зверя.