Вообще я давно говорю - крысу надо с первых дней приучать к клетке, тогда такой проблемы не будет. Даже если вы выбрали свободное содержание, клетка у крысы должна быть. В детстве крысята скорее положительно воспринимают клетку - им там менее страшно, недели на воле. Вот этим и надо пользоваться. В дальнейшем можно выпускать зверя гулять днем, но убирать на ночь или сажать в клетку на время уборки в квартире или придумать еще какой-то вариант.
Дело же не только в пододерматите, это может быть простуда (когда не желательно гулять по холодному полу), какие-то еще болячки. Наконец, хозяева могут затеять ермонт в квартире, и крысе небезопасно будет гулять где попало. Но это скорее советы на будущее.
Теперь непосредственно по теме. ИМХО крысе не так вреден пол, как решетки в клетке. Пол лишь с точки зрения гигиены опасен - все-таки там и пыль, и все такое...
Некоторые умудрялись крысе повязки на лапы присобачивать, прикрепляя их пластырем (причем способ крепления и вид пластыря надо подбирать методом научного тыка). Разумеется, пластырь только для фиксации, чтобы не получалось, что под ним рана мокнет.
Про клетку - я бы пробовала вначале сажать ненадолго, ставя миску с едой или просто кусочки овощей-фруктов, что любит. И пусть полчасика поскучает. Чтобы не воспринимал клетку, как наказание, как раз лакомства хорошо идут. Ну и увеличивать время в клетке постепенно.
Еще - на полу постелить что-то мягкое, чтобы лапам удобнее было