Принцип прост.(я так подозреваю

)Устроен как телефон наверное.Есть разные области памяти (в том числе и однократно программируемые и закрывающиеся прожиганием.в такие области записывают информацию защиты устройства)
Наверное лучше плеер сравнивать с самсунговскими аппаратами,в которых нет этой защиты но есть;
Пользовательская память(чип),куда пишется контент,мелодии и прочая лабудень,так же записные книжки.
Второй чип,это куда пишется сама микропрограмма(прошивка).
Так вот.Когда Вы форматируете,с помощью специальной программы ,предназначенной для плееров данного производителя.Стирается пользовательская память,но должна оставаться файловая система с самой прошивкой.Программа сама определяет тип чипа (с помощью определенных загрузчиков и,если они бывают разных типов) исходя из этого берет определенные адреса,которые и форматируются.(сама указывает тип файловой системы,возможно в конце делается подсчет контрольной суммы,с последующей перезаписью)
Вообщем будет правильнее,использовать предназначенный для этого софт,а не винду.
А при перепрошивке,затирается все,кроме области загрузчика и перепрограмируется.Но если повредить бут(выключили свет),то необходимо перезаписывать и его.Но это отдельная песня,с замыканием нулегово адреса на землю и прочего прочего.
Кстати,для современных телефонов,всякие там замыкания уже не прокатывают.Защита производителя все серьезней и серьезней.И только за деньги и только в авторизованном сц.