То есть у вас фальш-дно что ли? Дети всю жизнь провели на салфетках/бумажных полотенцах, неудивительно, что им некомфортно на фальш-дне. Попробуйте убрать его или хотя бы сверху постелить бумажные полотенца (надо их порезать на кусочки примерно 10 на 10 см). Мои все наоборот спят в основном на полу, им салфетки даже больше гамаков нравятся.
Какой именно корм даете? Семечки можно в очень ограниченном объеме, одна в день - не будет проблемой для крысы. Честно говоря, мне кажется, лучше давать хороший покупной корм, чем самой мешать, потому что сами вы вряд ли сможете все правильно сбалансировать по составу. Если в вашем корме много семечек, посмотрите какой-нибудь другой. Я их кормлю Рэт Нэйчер, если давать его по схеме, а не насыпать полную кормушку, семечек там либо совсем не получается, либо максимум одна-две попадаются.