Подскажите по пунктам, как можно приручать крысу, которая не просто не любит или боится рук, а реально считает, что её хотят убить?
Если бы ваш крысик считал, что вы его хотите убить, он бы замирал в шоке, а не убегал... А раз убегает, боится, не более. Я уже тут писала, что бегство при страхе этот самый страх закрепляет и формирует фобию. Это не я придумала, это Конрад Лоренц.

Точно так же бегство щенка от испугавшей его опасности в дальнейшем формирует страх всех похожих предметов. Если это не пресечь на корню, в дальнейшем уже приходится бороться с фобией. Щенка подводят ко всем "страшным" предметам, пресекая попытку сбежать и потихоньку показывая, что всё это не страшно.
Точно так же вам сейчас нужно показывать крысику, что человек - это не страшно. Для этого берите его в руки даже если он кусается, вырывается, пищит и царапается. Не давайте ему сбежать, решили взять - взяли. Дадите хоть раз сбежать, страх только усилится. Как правильно брать в руки крысу, чтобы не сбежала, очень хорошо показано
здесь. На ручках его чешите за ушками, предлагайте вкусняшку, даже если не возьмет. По "запазушье" писать не буду, тут уже всё прекрасно написали.

Хочу заметить, что Нос, при всей его "наручковости", из клетки вынимается до сих пор с трудом. Цепляется за дверку только так. А руки любит. Вот переедет в Фурет, будет проще, там такие ворота.
