Не стоит пока гнездо трогать! Подождите недельку, что уж поделаешь. Крысе пока можете просто накидать небольших тряпочек - захочет, сама возьмет. Только смотрите, чтобы из них нитки не торчали, а то для малышей это возможность получить травму, запутавшись в нитках. Можно использовать мягкие салфетки, в крайнем случае, даже бумажные, чтобы теплее было.
Всякие замены тряпок в гнезде лучше делать, когда (или если) крыса выйдет на прогулку. Впрочем, не знаю, будете ли вы ее выпускать и захочет ли она сама выйти гулять, раз дом для нее новый. Можно ее подманить, немного подержать на руках, а потом на время уборки посадить в какую-то коробку. Если есть какие-то перчатки - можно их использовать при уборке в клетке, чтобы чужой запах не пугал крысу. Можно еще оставить наиболее чистую тряпочку из использованных - чтобы хоть что-то старое было...