Тоннель можно пока оставить, на недельку-две. Она пока маленькая, там помещается. Если ей там нравиться пусть лазает.
При подселении надо несколько дней знакомить на нейтральной территории, смотреть как отнеслись друг к другу, а потом можно клеть мыть и ссаживать, но наблюдать. Можно клетками поменять, чтоб прочувствовали друг друга.
Я, например, на выгуле всегда знакомила, а потом по ситуации. Один ребенок у меня прям сходу в первый вечер вселился в клеть к старшим пацанам, а вот еще двое так и не подселились.
По поводу клетки, надо будет купить сразу с расчетом на двоих крысей.
Вот калькулятор,
http://rats.org.ua/cagecalc.php там вводятся размеры клетки и выбирается кто будет жить, таким образом можно узнать сколько крысей в клетке поместиться.