клетка маленькая у вас на двух крыс, вот и вонь.
В таких условиях только один выход - менять наполнитель каждый день, полки протирать, гамак стирать/менять.
но лучше - клетку подходящего размера приобрести. И не мучить ни себя постоянными уборками, ни крыс теснотой. Хотя, вам это уже тысячу раз говорили, но похоже клетку вы так и не поменяли?