Нет разницы. Решайте сами, чего вы хотите в смысле окрасов, маркировок, характеров.
Малыши обычно подселяются без проблем...
Небольшой плюс, когда одна крыса берется на пару недель позже - есть время поприручать первую...
С другой стороны, два малыша, если их брать разу, не будут чувствовать себя одинокими... А два крысенка из разных пометов - если вы не уверены в состоянии их здоровья - требуют карантина хотя бы на неделю-две...