Я думаю вы сами ответили на оба своих вопроса

в течении достаточно короткого времени у мальчиков постоянный стресс - сменили несколько мест проживания, сейчас живут в одной комнате с девочками, практически не гуляют, плюс еще не устоявшиеся отношения при молодом возрасте.
Немного не понятно почему их нельзя выпускать ежедневно хотя бы на час если они живут и гуляют в вашей отдельной комнате? Даже если вы не сможете весь этот час "гулять" вместе с ними, это лучше чем не гулять вообще.
Насчет запаха попробуйте "поиграть" с разными наполнителями. Я сейчас в качестве эксперимента начала пробовать вместо наполнителя гранулированный корм для шиншилл или кроликов (у нас в Литве проблемы с наполнителем). 2-3 дня на кухне стоит "травяной" запах, который запах каках и пописов "убивает" совсем (в клетке Фурет Плюс 4 мальчика 700-800г). Засыпала на дно тонкий слой около 1-1,5см, сверху немного кукурузного наполнителя. Вы можете просто попробовать для запаха немного гранул насыпать сверху на наполнитель.
Также можно попробовать использовать разные спреи или порошки - ликвидаторы запаха, которые используют форумские крысоводы
http://rat.ru/forum/index.php?topic=19525.msg383123#msg383123Спутник лучше уберите раз мальчики какают/писают в него и там спят. А вместо тряпочек использовать туалетную бумагу или салфетки пробовали? Или тоже выкидывают? У меня для мальчиков висит большой пластмассовый дуршлаг - из него все пописы вытекают.
Анализ на простейшие я бы сдала - у здоровой крысы какахи не должны сильно пахнуть.
У меня вообще всегда мальчики больше пахли чем девочки (хотя мальчиков всегда было очень мало, а девочек очень много

) - и сам запах от крысомальчиков более сильный, и все мои мальчики не были чистюлями

И - да , спутник я бы убрала. Я априори не считаю пластиковые спутники хорошей идеей для мелких грызунов и крыс. Лично мне они кажутся травмоопасными и внутри убираться неудобно. Спутники хороши в качестве яркого и интересного дополнения к клеточному интерьеру для выставки, например, но в повседневный быт я бы такое точно не купила.
Вот, подвесной тканевый домик или деревянный домик без дна - это да, это супер.
Вы зря наговариваете на Спутник nonoь Если вам не нравится его использовать это еще не значит что этот домик плохой (и если я хорошо понимаю у вас нет практики его многочисленного и долговременного использования).
У меня крысы живут более 5 лет, самое большее было 35 крыс в 12 клеток, сейчас 20 крыс в 5 клетках. Спутники у меня используются во всех клетках для девочек, висит по 1-3 штуки (в зависимости от количества жильцов), сейчас в 4 клетках 9 спутников. И при наличии еще кучи других домиков (игла, циркус, имаковские для шиншил, деревянные, тканевые, вязаные коконы) спутник в течении нескольких поколений крыс остается самым любимым домиком у крыс всех возрастов.
Насчет травмоопасности - а где в нем можно пораниться? Даже при том что почти все домики подвергаются интенсивному "дизайну" за 5 лет еще ни одна крыса не поранилась.
Убираться в нем очень удобно - 3 входа/выхода, рука без проблем пролезает чтобы вынуть/положить туал.бумагу или протереть влажной салфеткой.