Вы у нее ассоциируетесь с болью, и ничего с этим не поделаешь. Конечно, любой питомец начнет поневоле отдаляться, когда получает от хозяина не только приятные вкусняшки и игры-ласки, но и болючие уколы, противные лекарства, капельницы и т.д.
Она не понимает, зачем Вы всё это делаете и ей кажется, что Вы её мучаете. Ничего с этим не сделаешь, только смириться и стараться как можно чаще её баловать долгими выгулами и дозволенными вкусностями, чтобы хоть частично компенсировать причиняемые ей неприятности. Кто-то из животных во время лечения не только начинает сторониться, но и ходить в туалет в неположенных местах, портить какие-то вещи, хотя до этого подобного не наблюдалось - это всё делается в знак протеста, чтобы как-то показать, что лечиться не нравится.