По моим ощущениям от самолета - крысам должно быть ОЧЕНЬ некомфортно. ОЧЕНЬ и ОЧЕНЬ. 
Для информации. Вот, что нашла в нете о перевозке животных самолетом. Консультация была дана Константином Андреевичем Перепечаевым, ветклиника при МСХА им. Тимирязева, на вопрос о перевозке собаки самолетом!
«Транспортировка животных самолетом, безусловно, будет являться для них сильным стрессом. Давайте сначала разберемся, что такое стресс? Стресс – это одна из важнейших защитно – приспособительных реакций организма на редстоящую или уже действующую опасность. При этом в кровь выбрасывается большое количество кортикостероидных гормонов, биологически высокоактивных веществ (адреналин), увеличивается концентрация глюкозы и активность ферментов в плазме крови, увеличивается частота и сила сердечных сокращений, возрастает частота дыхательных движений и интенсивность газообмена в легких, усиливается работа почек и ферментативная активность печени, направленная на расщепление накопленного гликогена. Все эти процессы направлены на улучшение снабжения кислородом и питательными веществами головного мозга, сердечной мышцы и скелетных мышц, понижается болевая чувствительность, повышается скорость нервных и мышечных реакций. Данный комплекс защитно – приспособительных реакций носит условное название «Беги или сражайся!». В этом состоянии организм значительно лучше переносит повышенные нервно – психологические (эмоциональные), физические нагрузки, лучше приспосабливается к изменениям окружающей среды (повышение или понижение температуры, влажности, давления, сильный шум, яркий свет и т.д.). После перенесенного стресса, обычно животное в течение нескольких часов более вялое, меньше двигается, больше спит – это нормально, т.к. организм восстанавливает силы после перенесенной нагрузки. Чем опасен стресс? Если животное страдает заболеваниями дыхательной или сердечно – сосудистой системы (вследствие старости, болезней и т.п.), если оно чрезмерно возбудимо (слабая неустойчивая психика – как трусость, так и агрессия), или же сила стресса превышает компенсаторные возможности организма, ТО чрезмерная нагрузка на сердце, дыхание и нервную систему может привести к инфаркту, инсульту, отеку легких (при этом повышается температура тела, чрезмерное испарение жидкости приводит к обезвоживанию) и смерти.»