Зря Вы так сильно фотку режете, EXIF не видно, трудно что либо сказать.
Может Вы диафрагму сильно зажали ?
-крыся в тени - аппарат определил выдержку по яркому месту на столе перед крысей
-Свет падает сбоку, один источник света - будут глубокие тени, в тенях будет мрак

Зря Вы так боитесь вспышки, мои крыси на вспышку вовсе не реагировали, по крайней мере меньше, чем на жужжание моторчика, двигающего объектив. Зато со вспышкой смаз получить намного труднее
Зеркалка не панацея, а лишь инструмент.
Фотография - "рисунок светом". Без правильного света никакая зеркалка не поможет.