OOOlga извиняюсь за вопрос, который вскользь упоминался  - размеры клетки какие?  
 про подселение. сама столкнулась с тем, что правил нет, есть рекомендации.  Когда  Кузю  подселяла  (вернее просто знакомила, так как уж больно мелкий был на фоне моих слонов годовалых) ему едва месяц исполнился - его кастриррованный Буська на нейтралке тяпнул (не до крови, просто с едой перепутал, он как раз линял и на курицу был похож 

).  Визгу было. А через полчаса, пока я мелкому клетку готовила, тот уже в гамак  самостоятельно через решетки большой клетки к старшим забрался. Это  все в первый же день. Но там с инстинктом самосохранения вообще плохо все  
 Из-за расстояния между прутьев Кузя определенное время отдельно жил и только гулял с остальными. Я еще боялась ,что его съедят - правило аквариума все что помещается в рот большой рыбе считается кормом. Более взрослые крысы у меня  сселялись сразу, но  в выходные, чтобы я дома была.
Сейчас новые взрослые крысомальчики не могут сселится только из-за собственных характеров.  При чем не стая их гонит, а они агрессивно себя повели в начале.   
Все на форуме пишут, что выяснения отношений: заваливания на спину (без крови), валяния, стойки - это норма. Я не согласна.  Я все это присекаю на корню и между давно знакомыми, и между знакомящимися. Иногда просто расталкиваю по углам клетки - думаю лучше пихнуть (легонько!!!!) крысу, чем потом зашивать ей живот. У пацанов я все-таки больше  ГК, чем хозяйка (с девками этот момент упустила, о чем жалею).  
Клетки рядом ставить - это тоже от крысы зависит... Джек и Тимоха через клетки друг на друга громко крысятся, а с моими через клетку Джек спокойно себя ведет (обоюдные попытки достать лапкой сменились любопытством и наблюдением), да и на нейтралке теперь без агрессии, но мои побаиваются Джека. Стая даже гулять с ним не хочет - в клетку просится 

.  
Но у Вас житье  в разных клетках мне кажется ненужным - мальчику уже месяца два и он  уже  часть крысоколлектива. Он проситься будет в стаю и они к нему, так что думаю через несколько часов все равно выпустите обратно... Зачем пацанам  лишний стресс? 
Про визг. Могли не услышать.  В  3-4 часа самый крепкий сон.  Это время не зря для главных  пакостей  в детских лагерях выбирают. Плюс Вы очень устали из-за дочки.
Судя потому что тело в гамаке нашли загрызть могли и во сне. Тогда понятно почему  криков не было. Может доминант захотел в одиночестве побыть прилез в гамак, в котором обычно никто не сидит, а там такой сюрприз. Разозлился и куснул. Старшие не зря теперь второго от контакта с доминантом оберегают. Может ему физически больно от соприкосновения с другими крысами. Проверьте пацана обязательно у врача.