Про человеческую микоплазму тоже думали долго, что она является естественной флорой человеческого организма, но потом всё-таки пришли к выводу, что это патогенный (так кажется) микроорганизм и в человеке его не должно быть вообще, а то, что его иммунитет сдерживает до поры ни о чём не говорит, рано или поздно (не так уж и поздно) заболевание всё-равно даст о себе знать, причём даст не самым лучшим образом. А поскольку родственные микроорганизмы ведут примерно одинаковый образ жизни, думаю крысиная микоплазма ведёт себя так же как и человеческая и никакой естественной флорой не является, просто крысы инфецируют друг друга, как, например, в Царской России от сифилиса вымирали целые деревни, он был у десятков тысяч людей, но это же не повод считать бледную трепонему естественной микрофлорой человеческого организма.